L'iniziativa di costituire l'AMSCE è stata presa, nel 1992, da 20 neoiscritti alle scuole di specializzazione medico chirurgiche dell'Università degli Studi di Bologna, dopo la costituzione di un «comitato» di specializzandi aggregatisi spontaneamente.


La costituzione dell'Associazione si è resa necessaria dopo che l'applicazione del Decreto Legislativo 257 dell'8 agosto 1991 aveva dimostrato l'inadeguatezza della norma sia nei confronti della Direttiva Comunitaria 82/76/CE, sia nei confronti delle esigenze formative ed occupazionali di chi decideva di accedere ad una scuola di specializzazione.

L'AMSCE si è da subito proposta come una Associazione Nazionale riuscendo a costituire nel 1993 ben 4 sedi in altrettante città Universitarie: Torino, Milano, Bologna, Siena.

L'attività svolta in questi anni ha fatto sì che l'AMSCE crescesse sempre di più fino alla costituzione di ben 29 sedi locali.

Oggi l'AMSCE è un organismo la cui importanza è riconosciuta fino in Europa, grazie anche alla serietà ed alla coerenza con cui ha portato avanti le sue battaglie nel corso di questi anni. Oggi infatti l'AMSCE è sezione italiana degli European Junior Doctors, organo consultivo delle istituzioni europee per le tematiche riguardanti la salute e gli junior doctors. IJD (Italian Junior Doctors) è il progetto internet che manifesta pienamente la nuova realtà di integrazione medica della comunità Europea in cui l'AMSCE ha trovato finalmente una completa e definitiva espressione.